Basophile Granulozyten sind durch das Vorhandensein von basophilen Granula, also solchen, die sich mit basischen Farbstoffen wie Methylenblau oder Azur II anfärben lassen, charakterisiert. Die Granula, die im Ausstrich häufig den (meist zweigelappten) Kern überdecken, enthalten Histamin und Heparin.

Das Heparin dient der Aktivierung der Serumlipolyse, während das Histamin als parakrine Substanz eine wichtige Rolle bei Allergien spielt. Die Membran der Basophilen besitzt Bindungsstellen für Immunglobuline vom Typ E (IgE). Antigenkontakt, z.B. beim Heuschnupfen Kontakt mit Pollenantigenen, löst die Freisetzung von Histamin aus den Basophilen aus, was dann für die Entstehung vieler Symptome bei Allergie (z.B. Vasodilatation, Bronchospasmus...) verantwortlich ist.